军校毕业证的学历认证流程一般如下：

1. 申请者需要准备相关材料，如毕业证书原件、身份证原件等。根据是否是现役军人，还需分别提供士兵证或军官证复印件、退伍证或转业证复印件。如果转业证丢失，需要提供个人档案中的转业审批报告复印件。此外，还需要提供个人档案中的应征公民入伍批准书或入伍登记表复印件，以及学员学籍管理登记表或学员登记表复印件。
2. 如果是1992年起取得军队生长干部学历的，需要提供个人档案中士兵入学批准书复印件；如果是1994年起参加普通高考进入学校取得学历的，需要提供“普通中学应届高中毕业生入军队院校批准书”复印件。
3. 准备好相应的材料后，申请者可以选择到各地的学历认证中心进行现场办理。这些认证中心一般位于所在省份的省会及大城市。到达现场后，需要递交认证申请材料，并支付相关费用。
4. 认证完成后，申请者会收到短信通知，可以自取认证报告或由认证机构邮寄。

此外，申请者也可以通过军网平台向军队学位与研究生教育研究中心提交认证申请，并按要求提交相应佐证材料。军队学位与研究生教育研究中心会对申请认证的数据进行审核，并将通过审核的数据及认证费提交教育部学位与研究生教育发展中心，最后由该中心出具《认证报告》。

需要注意的是，各地和各个认证机构的具体要求可能有所不同，因此在办理学历认证时，建议申请者先查询学信网或相关认证机构的具体要求，以确保材料齐全并符合要求。同时，由于军队院校学历认证最终都需要传到北京总部进行，如果选择代理机构办理，可能会相对时间较长一些。

总之，军校毕业证的学历认证需要准备相关材料并按照流程进行申请，以确保学历的真实性和有效性。